1964年東京都生まれ。1987年東京大学理学部物理学科卒業後、1992年同博士課程修了(博士(理学))。同年より東京大学教養学部基礎科学科第二助手、1997年統計数理研究所助教授。2002年理化学研究所ゲノム科学総合研究センターチームリーダー、2007年プロジェクト副ディレクター、2008年基幹研究所システム計算生物学研究グループグループディレクター、2011年4月より生命システム研究センター生命モデリングコア長、2013年9月より現職。