従来のスーパーコンピュータVPP500システムではバッチジョブが主体であったが本システムより会話型ジョブを導入し、コマンド入力でのプログラム実行を可能とし簡便な利用環境を実現している。表2にスーパーコンピュータシステムのジョブクラスの設定を示す。
会話型ジョブの実行にはジョブグループと呼ばれるPE数が1，4，8，16の4グループを設定している。
バッチ型のジョブに対しては平日利用できるキューとして最大1，4，8，16，32PEが利用できるキューと週末に実行できる64PEジョブ、最大50時間という長時間利用可能な1PE，4PE用のキューおよびGAUSSIAN用のキューを用意している。ただし、64PEジョブは1ヶ月のうち2週末に限り実行することにしている。長時間ジョブは1ヶ月という期限を設けている。更に、この時間でも研究課題により、計算時間の不足が有るようであれば、運用に支障をきたさない範囲で再度1ヶ月延長も可能である。これらのジョブ利用に関しては、ベクトル化率、並列度その他の条件による許可制で運用している。