情報環境室で行っているサービスとして、一般利用者向けに定期的な講習会を行っている。各種ドキュメント、利用手引は所内Webサーバのホームページに掲載し、英文化も進めている。登録手続きなどの一部はメール、ホームページからの申請も受け付けている。
また一方では、運用管理を行う上で管理者側も運用支援という形でSI（System Integrator）の富士通から必要なサービスを受けている。このうちで利用者にとって有用なツールであれば管理用のツールも積極的に利用者に開放することにしている。
以下に利用者に対する支援サービスを列挙する。このうちプログラム相談、Ｑ＆Ａのメールでの対応は利用者にも浸透してきている。
利用者認証の強化については前項でも述べたが、もう少し説明すると、スーパーコンピュータ利用登録者に一人一人にセキュアＩＤカードを配布し、スーパーコンピュータに接続するとき毎にワンタイムパスワードを発行して利用することにしている。認証が確認されて始めてフロントエンド計算機へのログインが可能となる。FTPによるファイル転送を行う場合もこのワンタイムパスワードが求められる。
ジョブの効率的実行は運用に際しての重要ポイントである。従って、各ジョブキューでの実行待ち行列に対しても実行順序の公平性を図る種々の方策がなされている。たとえば同一利用者ジョブの連続実行抑止であるとか、最大待ち時間超過ジョブの優先実行である。しかし、これらの方策も飽和的利用状況では実行待ちジョブの増加を抑えることはできていない。
スパコンの運用時間は24時間連続運転を基本としており、定期保守以外での運用停止は極力避けたいのであるが、障害によるシステム利用が不可能になる場合は早急に復旧を目指さなければならない。このため、休祭日、夜間での遠隔監視および緊急連絡体制を敷いている。障害対応は基本的には翌日就業時間内対応となるが、緊急の場合は時間外にもSEに対応してもらう事態もある。