資源の空き状況に応じてジョブを選択し、かつ最適なＰＥ選択を行うには、ジョブ選択とＰＥ選択を連携させる必要がある。
　このため、ＮＱＳ−ＪＳでは、従来カーネルで行っていたＰＥ選択処理もＮＱＳ−ＪＳ内で行う方式とした。
　このことにより、ＰＥ割り当てに柔軟性を持たせることが可能となった。
　ＮＱＳ−ＪＳでは、センタ運用に合わせたＰＥ割り当てを行えるよう、従来のカーネルと同様のＰＥ選択アルゴリズムに加え、下記のようなＰＥ選択方式をオプション化してサポートしている。

　　−　非並列ジョブのパック割り当て
　　−　非並列ジョブのＰＥ内ジョブ数制限
　　　　　　　　　　　　　　　　　　など

　以下、これらの概要を説明する。