| 司会 : 金澤企画委員 |
| 14:30〜14:35 |
- 開催趣旨
- 藤井企画委員
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14:35〜15:20
報告：35分
Q&A：10分 |
- PCクラスタ用並列化BLASTの実力
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- 大阪大学遺伝情報実験センター 安永 照雄
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- BLASTは、遺伝子データベース中に問い合わせ配列と同一あるいは類似配列が存在するかどうかを検索するもので、バイオ研究分野において最も広く利用されているプログラムである。検索対象のデータベースは毎年２倍弱の勢いで増大を続けており、その高速化が急務となっている。最近、富士通を含む数社から飛躍的に処理能力が向上するPCクラスタ用並列化BLASTが発表された。ここでは各社の性能評価をまじえ私どものセンターにおける運用事例を報告する。
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15:20〜16:05
報告：35分
Q&A：10分 |
- PCクラスターバイヤーズガイド 〜PCクラスタWGより〜
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理化学研究所 姫野 龍太郎 (PCクラスタWGメンバー)
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- これまでのWG活動の中で明らかになったPCクラスタ選択のノウハウをまとめ、次のようなポイントに整理して報告する。
- 性能重視のP4か実装密度のP3か、AMDの可能性は？
- 通信にMyrinetを使うか、GEtherか
- コンパイラは何を使えばいいか
- CPUはP4か、P３か、AMDか
- クラスタ用OSのScoreの評価は
- グラフィック用クラスタの動向は
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| 16:05〜16:15 | 休憩 |
| 司会 : 野田企画委員 |
16:15〜17:00
報告：35分
Q&A：10分 |
- 有限要素法コードによるスカラSMP計算機（GP7000F）の性能評価 〜スカラ並列技術WGより〜
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理化学研究所 白崎 実 (スカラ並列技術WGメンバー)
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- 有限要素法は、工学的な分野で広く用いられている偏微分方程式の解法のひとつである。差分法では構造格子が用いられるのに対し、有限要素法では非構造格子が用いられる。このため、解析領域の形状に対する自由度が大きい反面、一般に、データの構造が複雑になり、メモリアクセスやメモリ消費量の点では不利になる傾向がある。本報告では、有限要素法解析において、全体に占める計算コストが高い連立一次方程式の求解部分を抽出し、自動並列あるいはOpenMPを用いた並列環境での実効性能（FLOPS値）の測定および評価を行う。そして、ユーザの立場から、本計算機を用いて有限要素法コードの並列化を行う際の課題や注意点などについて述べる。
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17:00〜17:55
報告：45分
Q&A：10分 |
- PRIMEPOWER HPC2500 〜性能およびチューニングについて〜
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- 富士通(株)ソフトウェア事業本部 開発企画統括部 青木 正樹
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- 分散メモリ・ベクトルアーキのスーパーコンピュータＶＰＰシリーズの後継機として、世界最高の理論ピーク性能と、拡張性をもつ、大規模並列スカラ型スーパーコンピュータ「PRIMEPOWER HPC2500」は、平成14年8月より販売を開始しました。
また、PRIMEPOWER HPC2500が持つ性能を最大限に引き出すため、当社スーパーコンピュータ「VPPシリーズ」や並列サーバ「APシリーズ」での豊富な実績を継承した、プログラム開発環境や実行環境をパッケージしたソフトウェア「Ｐａｒａｌｌｅｌｎａｖｉ」を用意しています。
本報告では、PRIMEPOWER HPC2500の実行性能（アプリケーション性能,基礎性能）および Ｐａｒａｌｌｅｌｎａｖｉを活用したプログラム高速化（チューニング）のポイントをご紹介致します。
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| 17:55〜18:00 |
- まとめ
- 藤井企画委員
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| 18:00 | 終了 |
| 18:00〜 |
夕食 |
| 19:30〜21:30 |
- 分科会懇談会
- テーマ:「これからのセンターサーバは?」
- コーディネータ：姫野企画委員
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- 計算機センターを、「ユーザとして広い範囲をカバーしているセンター」と「一部の機能に特化した(単機能風に見える)センター」とに分け、これからのセンターサーバ像について議論します。
あなたも、是非この熱い議論に参加しませんか？
話題提供者：
【広い範囲をカバーしているセンター】
・九州大学情報基盤センター 青柳 睦
・名古屋大学情報連携基盤センター 石井 克哉
【一部の機能に特化したセンター】
・航空宇宙技術研究所 中村 孝
・筑波大学計算物理学研究センター 佐藤三久
(機関名順)
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