Scientific System研究会Home サイエンティフィック・コンピューティング・フォーラム 〜プログラム〜   
科学技術計算分科会TOPに戻る

PCクラスタの新たな展開
このフォーラムは、どなたでも参加可能です
## ただしコンピュータベンダ様はご遠慮ください ##
 
1.日時2004年 8月 6日(金) 10:00〜16:30(受付開始 9:30)
 （デモ： 8月 6日(金) 12:00〜13:30、16:30〜17:30)
 （懇親会： 8月 5日(木) 18:00〜19:30  　# システム技術分科会共催）
 
2.場所富士通ソリューションスクエア S棟3階 プレゼンテーションホール(S-P302)
 
3.開催趣旨 ここ数年、躍進を続けていたPCクラスタが、ついに計算センターで本格的に運用されだした。また、ユーザ層としては従来の流体, 構造分野の他に、ゲノム, たんぱく質, 医療などのライフサイエンス分野が目立ち始めてきている。    ...  全文はこちら

4.プログラム
(敬称略) 
10:00〜10:10
開催主旨/挨拶
10:10〜11:10
報告：50分　Q&A：10分
  理研スーパー・コンバインド・クラスタ（RSCC）の紹介と運用事例 　　
理化学研究所　重谷 隆之

理化学研究所では、今年3月に2048CPUのLinux PC（Intel Xeon 3.07GHz, Dual CPU）を中核としたスーパーコンピュータシステム（理研スーパー・コンバインド・クラスタ：RSCC）を導入した。日本の計算機センターではLinuxクラスタの採用は初めてのことであり、RSCCにはいくつかの新しい技術を導入している。ここでは、センターの計算機としてLinuxクラスタを採用した経緯と新しい試み、実際の運用形態と利用状況、運用して分かった課題などを紹介する。
11:10〜12:00
報告：40分　Q&A：10分
  PCクラスタ向け運用機能の紹介と今後の取り組みについて 　　
富士通(株) サーバシステム事業本部　長屋 忠男

PCクラスタは、2003年度の国内市場では100%増の成長となり、HPCクラスタシステムとしての有用性が認知され始め、益々成長が予想される。また、大規模なPCクラスタが計算センターで本格利用されはじめたが、PCクラスタ運用機能はまだまだ十分とはいえない状況である。講演では、富士通で実現しているシステム運用管理、ジョブ運用管理やファイルシステムといった運用機能の紹介と今後の取り組みについて紹介する。
12:00〜13:30  昼食 兼 デモ展示
13:30〜14:30
報告：50分　Q&A：10分
  生体におけるマルチスケール・シミュレーションのためのグリッド計算 　　
大阪大学蛋白質研究所 中村 春木

空間軸、時間軸の双方にわたり微視的な視点から巨視的な視点へ様々なスケールで、ゲノム情報→蛋白質情報→細胞情報→組織・器官→生物個体を理解するためのマルチスケールのシミュレーションの必要性と可能性に脚光が当たり始めている。国内では文部科学省のリーディング・プロジェクトとして生体・細胞機能シミュレーションが始まり、海外では国際生理学会が主宰するフィジオーム・プロジェクトが始まっている。この、空間軸としては1 nm〜1 mの109の幅がある一方、時間軸では1 ns〜109 s (人の寿命を70年として)の1018の広がりを持つ多層なシステムに対して、具体的にどのようなアプローチのシミュレーションが可能だろうか？講演では、大阪大学を中心とするバイオグリッドプロジェクトにおいて情報科学の視点からこの問題に取り組み、複数の異なるレベルでの大規模シミュレーション計算を、グリッド上で連成計算するバイオフーガ（Biosimulation Platform United on Grid Architecture）技術の開発と、QM/MM連成計算への応用を紹介する。
14:30〜15:30
報告：50分　Q&A：10分
  PCクラスタによるゲノム解析 　　
国立遺伝学研究所 阿部 貴志

微生物からヒトまで多様な生物のゲノムデータが次々に決定公開されてきたが、その生物学的意味の解明はこれからの課題である。この課題には、大規模な計算資源を駆使して、長大な多数のゲノムを比較する比較ゲノムの手法が有力である。本講演では、PCクラスタを活用して、１００種類以上の微生物ゲノムに対して統一的なアノテーションを実施してゲノムデータを評価した例と、自己組織化マップを用いて、ゲノム配列に潜む生物種固有の特徴抽出を行った例を報告する。
15:30〜16:30
報告：50分　Q&A：10分
  データグリッドコア技術としてのInterstage Shunsakuご紹介
  −拠点内・拠点間のデータ正規化を不要とする純国産新技術− 　　
富士通(株) ソフトウェア事業本部 松浦 正卓

データグリッドは、拠点内外の複数データベースを仮想統合する新要件である。しかし各々が既に保有する複数様式のデータは、インデクスに代表されるデータ正規化を前提とした従来技術では取り扱い難い事も周知である。一方でＳｈｕｎｓａｋｕは、現時点ですでに、複数サーバに分散された非正規化データの取扱が可能である。今回発表は、水平・垂直データグリッド実現のコア技術として、Ｓｈｕｎｓａｋｕのアルゴリズムと今後方向性等をご紹介申し上げる。
16:30〜16:40
  まとめ
16:40〜17:30
  デモ展示
17:30終了
 
 デモ展示(予定)　(第1回 12:00〜13:30, 第2回 16:40〜17:30)
   ・riken HPCポータル
   ・オーガニックジョブコントローラ(OJC)/Mathematica
   ・Interstage Shunsaku
 
5.懇親会2004年 8月 5日(木) 18:00〜19:30
# システム技術分科会との共催です。
# 懇親会に限り、参加資格をSS研,IS研,CS研,LS研会員のみに限定させていただきます。
# なお、開催日をお間違えのないようお願いします。(当会合の前日です)
 
6.参加費無料
但し、懇親会参加費(希望者)のみ 徴収させていただきます。
 
7.申し込み終了しました。
 
8.主催当フォーラムは、SS研 科学技術計算分科会主催によるものです。
 
　
科学技術計算分科会TOPに戻る